4月17日至29日，中国人民政治协商会议第三届全国委员会第一次会议在北京举行。政协第三届全国委员会共有委员1071人。周恩来主持开幕式。会议听取了李维汉作的《中国人民政治协商会议第二届全国委员会常务委员会工作报告》。出席会议的委员列席了第二届全国人民代表大会第一次会议，听取了国务院总理周恩来所作的《政府工作报告》；国务院副总理李富春所作的《关于1959年国民经济计划草案的报告》和国务院副总理李先念所作的《关于1958年国家决算和1959年国家预算草案的报告》。会议通过了《中国人民政治协商会议第三届全国委员会第一次会议的政治决议》、《中国人民政治协商会议第三届全国委员会第一次会议关于常务委员会工作报告的决议》和《中国人民政治协商会议第三届全国委员会第一次会议关于提案审查的决定》。会议推举毛泽东为政协第三届全国委员会名誉主席，选举周恩来为政协第三届全国委员会主席。此外，会议一致同意第二届全国人民代表大会第一次会议所通过的关于西藏问题的决议，热烈祝贺中央人民政府平定西藏反动集团叛乱的胜利。

4月29日，举行60岁以上委员茶话会，周恩来在讲话中希望“过了60岁的委员都能把自己的知识和经验留下来作为对社会的贡献”。他还指示政协全国委员会要注意组织这项工作，在城里工作组十，其中要“有收集历史资料的足。”7月21日，根据周恩来的指示，全国政协委员会成立了文史资料研究委员会(1988年4月改称“文史资料委员会”)，由范文澜任主任委员。

9月16日，中共中央、国务院发布《关于确实表现改好了的右派分子的处理问题的决定》。从1959年到1964年，全国先后分五批摘掉了大部分右派分子的帽子。在此期间，各民主党派、无党派人士双周座谈会对在北京的全国人大代表、政协委员、国务院司局长以上干部和民主党派中委、候补中委范围内的非共产党的90名右派分子的摘帽问题，进行了协商讨论，从1959年起到“文化大革命”前，先后共摘掉84人的右派帽子。

1959年底，政协全国委员会根据毛泽东指示的精神，认真贯彻“弛”的方针，采取各种措施，以调整几年来比较紧张的阶级关系和同民主党派的关系，对活跃统一战线内部的民主生活，促进国内安定团结的政治局面，对调动各界人士的积极性克服暂时的经济困难，发挥了统一战线组织的重要作用。其中尤以推动和运用“神仙会”方法进行形势教育和思想教育的工作，收到了明显的效果。“神仙会”是一个形象化用语。其实质是用和风细雨、说服教育的方法去分析问题，解决问题，从而达到明辨是非，提高认识，改造思想，加强团结的目的。它是一种在正确领导下的、群众性的、民主的自我教育方法。